La microflore des grains de kefir sucré est essentiellement mésophile et comprend principalement des bactéries lactiquesLactobacillus casei, Lactobacillus hilgardii (= brevis),Leuconostoc mesenteroides ssp.dextranicum, Streptococcus lactis ainsi qu'une petite proportion de levures (Zygosaccharomyces florentinus, Torulospora pretoriensis, Kloeckera apiculata, Candida lambica etC. valida). On a observé peu de coliformes et de streptocoques fécaux. L'observation au microscope électronique à balayage a révélé que les levures filamenteuses adhèrent aux bactéries sur la périphérie du grain.Lactobacillus hilgardii, le seul microorganisme isolé susceptible de produire un polysaccharide gélifiant, est important dans la biosynthèse du grain. Des morceaux de gel produit par cette souche et transférés dans une solution d'extrait de levure et de saccharose, croissent et ressemblent aux grains de kefir domestique. Ceci représente une manière nouvelle, peu coûteuse de produire des cellules immobilisées par auto-piégeage dans un polysaccharide neutre.