Francis Crick, le père de la génétique moderne, lauréat du prix Nobel, était sous l'influence du LSD lorsqu'il a déduit pour la première fois la structure en double hélice de l'ADN il y a près de 50 ans.

Crick et son brillant collègue américain James Watson ont célébré leur eurêka en mars 1953 en courant du désormais légendaire laboratoire Cavendish de Cambridge jusqu'au pub Eagle, situé à proximité, où ils ont annoncé, en buvant des pintes de bitter, qu'ils avaient découvert le secret de la vie.

Crick, qui est décédé il y a dix jours à l'âge de 88 ans, a déclaré plus tard à un collègue scientifique qu'il prenait souvent de petites doses de LSD, une drogue expérimentale utilisée à l'époque en psychothérapie, pour stimuler ses facultés de réflexion. Selon lui, c'est le LSD, et non la bière chaude de l'Eagle, qui l'a aidé à découvrir la structure de l'ADN, découverte qui lui a valu le prix Nobel.

Malgré son image d'homme de l'establishment, Crick était un fervent admirateur du romancier Aldous Huxley, dont les récits de ses expériences avec le LSD et un autre hallucinogène, la mescaline, dans les nouvelles Les portes de la perception et Le paradis et l'enfer, sont devenus des textes cultes pour les hippies des années soixante et soixante-dix. À la fin des années soixante, Crick a été l'un des membres fondateurs de Soma, un groupe de légalisation du cannabis nommé d'après la drogue décrite dans le roman de Huxley Le meilleur des mondes. Il a même signé une lettre célèbre adressée au Times en 1967, appelant à une réforme de la législation sur les stupéfiants.

Rappelons que DNA Script est une jeune pousse française qui a été fondée en 2014 à Paris. À l’origine d’une technologie innovante de synthèse enzymatique d’ADN, l’imprimante est baptisée « Enzymatic DNA Synthésis » ou EDS. Pour aboutir à l’impression d’ADN, elle a été intégrée dans une sorte d’imprimante à ADN spécialement dédiée aux laboratoires. De cette façon, la Syntax est en mesure d’élaborer jusqu’à 96 fréquences d’ADN personnalisées en quelques heures. Pour ce faire, elle utilise des cartouches contenant des enzymes naturelles. Une telle avancée technologique est tout à fait exploitable dans la recherche en génomique comme dans la biologie moléculaire. En tout cas, ce mécanisme ingénieux est bien plus rapide que les méthodes classiques.

Comme nous l’avons évoqué plus haut, la machine ne requiert ni l’utilisation de solvants, ni d’un environnement contrôlé. Elle n’utilise donc pas les procédés de synthèse chimique commerciaux. En seulement 15 minutes, l’instrument de DNA Script est configurable, et ce, de façon automatisée. En plus de cela, elle peut être déployée au sein des laboratoires, offrant ainsi la possibilité de mieux contrôler et d’améliorer l’efficacité de leur productivité. Les entreprises pharmaceutiques pourront donc innover en ce sens, et gagner en rapidité dans la production des ADN.

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a entraîné la pandémie de coronavirus 2019 (COVID-19), affectant gravement la santé publique et l'économie mondiale. L'immunité adaptative joue un rôle crucial dans la lutte contre l'infection par le SRAS-CoV-2 et influence directement les résultats cliniques des patients. Des études cliniques ont indiqué que les patients atteints de COVID-19 sévère présentent des réponses immunitaires adaptatives retardées et faibles ; cependant, le mécanisme par lequel le SRAS-CoV-2 entrave l'immunité adaptative reste obscur. En utilisant une lignée cellulaire in vitro, nous rapportons ici que la protéine spike du SRAS-CoV-2 inhibe de manière significative la réparation des dommages à l'ADN, qui est nécessaire pour une recombinaison V(D)J efficace dans l'immunité adaptative. D'un point de vue mécanique, nous avons découvert que la protéine spike se localise dans le noyau et inhibe la réparation des dommages à l'ADN en empêchant le recrutement des protéines clés de réparation de l'ADN BRCA1 et 53BP1 sur le site des dommages. Nos résultats révèlent un mécanisme moléculaire potentiel par lequel la protéine spike pourrait entraver l'immunité adaptative et soulignent les effets secondaires potentiels des vaccins à base de spike pleine longueur.

. Discussion

Nos résultats fournissent la preuve que la protéine spike détourne le mécanisme de réparation des dommages à l'ADN et le mécanisme immunitaire adaptatif in vitro. Nous proposons un mécanisme potentiel par lequel les protéines spike peuvent altérer l'immunité adaptative en inhibant la réparation des dommages à l'ADN. Bien qu'aucune preuve n'ait été publiée que le SRAS-CoV-2 puisse infecter les thymocytes ou les cellules lymphoïdes de la moelle osseuse, notre test in vitro de rapporteur V(D)J montre que la protéine spike entrave intensément la recombinaison V(D)J. Conformément à nos résultats, les observations cliniques montrent également que le risque de maladie grave ou de décès lié au COVID-19 augmente avec l'âge, en particulier chez les personnes âgées qui sont le plus à risque [22]. Cela peut s'expliquer par le fait que les protéines de pointe du SRAS-CoV-2 peuvent affaiblir le système de réparation de l'ADN des personnes âgées et, par conséquent, entraver la recombinaison V(D)J et l'immunité adaptative. En revanche, nos données fournissent des détails précieux sur l'implication des sous-unités de la protéine spike dans la réparation des lésions de l'ADN, indiquant que les vaccins à base de spike pleine longueur peuvent inhiber la recombinaison de V(D)J dans les cellules B, ce qui est également cohérent avec une étude récente selon laquelle un vaccin à base de spike pleine longueur induit des titres d'anticorps inférieurs à ceux du vaccin à base de RBD [28]. Cela suggère que l'utilisation d'épitopes antigéniques de la pointe comme vaccin contre le SRAS-CoV-2 pourrait être plus sûre et plus efficace que la pointe complète. Dans l'ensemble, nous avons identifié l'un des mécanismes potentiellement importants de la suppression du mécanisme immunitaire adaptatif de l'hôte par le SRAS-CoV-2. En outre, nos résultats impliquent également un effet secondaire potentiel du vaccin à base de pic complet. Ces travaux permettront de mieux comprendre la pathogenèse du COVID-19 et fourniront de nouvelles stratégies pour concevoir des vaccins plus efficaces et plus sûrs.

Il a été proposé à plusieurs reprises d'élargir le champ d'action de la SETI, et l'une des alternatives suggérées à la radio est le support biologique. L'ADN génomique est déjà utilisé sur Terre pour stocker des informations non biologiques. Le code génétique est plus petit en capacité, mais plus fort en immunité au bruit. Le code est une correspondance flexible entre les codons et les acides aminés, et cette flexibilité permet de modifier le code artificiellement. Mais une fois fixé, le code peut rester inchangé sur des échelles de temps cosmologiques ; en fait, il s'agit de la construction la plus durable connue. Il représente donc un stockage exceptionnellement fiable pour une signature intelligente, si celle-ci est conforme aux exigences biologiques et thermodynamiques. Le scénario actuel de l'origine de la vie terrestre étant loin d'être établi, on ne peut exclure la possibilité qu'elle ait été ensemencée intentionnellement. Un "signal" statistiquement fort de type intelligent dans le code génétique est alors une conséquence testable d'un tel scénario. Nous montrons ici que le code terrestre présente un ordre de type précision approfondi correspondant aux critères pour être considéré comme un signal informationnel. Des arrangements simples du code révèlent un ensemble de modèles arithmétiques et idéographiques du même langage symbolique. Précis et systématiques, ces modèles sous-jacents semblent être le produit d'une logique de précision et d'un calcul non trivial plutôt que de processus stochastiques (l'hypothèse nulle selon laquelle ils sont dus au hasard associé à des voies d'évolution présumées est rejetée avec une valeur P < 10-13). Les modèles sont profonds au point que le mappage du code lui-même est déduit de manière unique de leur représentation algébrique. Le signal présente des caractéristiques d'artificialité facilement reconnaissables, parmi lesquelles le symbole du zéro, la syntaxe décimale privilégiée et les symétries sémantiques. En outre, l'extraction du signal implique des opérations logiquement simples mais abstraites, ce qui rend les modèles essentiellement irréductibles à toute origine naturelle. Des moyens plausibles d'intégrer le signal dans le code et l'interprétation possible de son contenu sont discutés. Dans l'ensemble, si le code est pratiquement optimisé sur le plan biologique, sa capacité limitée est utilisée de manière extrêmement efficace pour transmettre des informations non biologiques.
Points forts

► L'hypothèse SETI d'un signal intelligent dans le code génétique est testée. ► Il est démontré que le code possède un ensemble de motifs de type précision de même style. ► Il est démontré que ces motifs correspondent aux critères d'un signal intelligent.

Mothersill et bien d'autres ont montré au cours des cent dernières années que les cellules et maintenant des animaux entiers peuvent communiquer entre eux par des ondes électromagnétiques appelées biophotons. Cela expliquerait la source du phénomène des spectateurs. Ces photons ultra-faibles sont cohérents, semblent naître et se concentrer dans l'ADN du noyau cellulaire et transportent rapidement de grandes quantités de données vers chaque cellule et vers les trillions d'autres cellules du corps humain. Les implications d'une telle possibilité peuvent être merveilleusement importantes.

Les gènes des mammifères sont très hétérogènes en ce qui concerne la composition de leurs nucléotides, mais les conséquences fonctionnelles de cette hétérogénéité ne sont pas claires. Dans les études précédentes, de faibles corrélations positives ou négatives ont été trouvées entre la teneur en guanine et cytosine (GC) du site silencieux et l'expression des gènes de mammifères. Cependant, les études précédentes n'ont pas tenu compte des différences dans le contexte génomique des gènes, ce qui pourrait potentiellement obscurcir toute corrélation entre la teneur en GC et l'expression. Dans le présent travail, nous avons directement comparé l'expression de gènes riches en GC et de gènes pauvres en GC placés dans le contexte de promoteurs identiques et de séquences UTR. Nous avons effectué des transfections transitoires et stables de cellules de mammifères avec des versions riches en GC et pauvres en GC des gènes Hsp70, de la protéine fluorescente verte et de l'IL2. Les gènes riches en GC ont été exprimés de plusieurs fois à plus de 100 fois plus efficacement que leurs homologues pauvres en GC. Cet effet n'est pas dû à des taux de traduction différents de l'ARNm riche en GC et de l'ARNm pauvre en GC. Au contraire, l'expression efficace des gènes riches en GC résulte de l'augmentation de leurs niveaux d'ARNm en état d'équilibre. Les taux de dégradation de l'ARNm n'étaient pas corrélés avec la teneur en GC, ce qui suggère qu'une transcription ou un traitement de l'ARNm efficace est responsable de la forte expression des gènes riches en GC. Nous concluons que la teneur en GC à site silencieux est corrélée avec l'efficacité de l'expression des gènes dans les cellules de mammifères.

La pseudouridine (notée ψ) est un ribonucléoside dérivé de l'uridine. On la trouve dans certains ARN non-codants, comme les ARN de transfert ou les ARN ribosomiques. La pseudouridine n'est pas incorporée lors du processus de transcription, mais résulte d'une modification post-transcriptionnelle de certains résidus d'uridine. C'est la modification de base la plus fréquente dans l'ARN, elle est retrouvée chez l'ensemble des organismes vivants.

L'excrétion prolongée de l'ARN du SRAS-CoV-2 et la récurrence des tests PCR positifs ont été largement signalées chez les patients après leur rétablissement, mais ces patients sont le plus souvent non infectieux1-14. Nous avons étudié ici la possibilité que les ARN du CoV-2 du SRAS puissent être retranscrits et intégrés dans le génome humain et que la transcription des séquences intégrées puisse expliquer les tests PCR positifs. À l'appui de cette hypothèse, nous avons trouvé des transcriptions chimériques constituées de séquences virales fusionnées à des séquences cellulaires dans des ensembles de données publiées de cellules cultivées infectées par le CoV-2 du SRAS et de cellules primaires de patients, ce qui correspond à la transcription de séquences virales intégrées dans le génome. Pour corroborer expérimentalement la possibilité de rétro-intégration virale, nous décrivons les preuves que les ARN du SRAS-CoV-2 peuvent être transcrits de manière inverse dans les cellules humaines par la transcriptase inverse (RT) des éléments LINE-1 ou par la RT du VIH-1, et que ces séquences d'ADN peuvent être intégrées dans le génome cellulaire et être ensuite transcrites. L'expression endogène de la LIGNE-1 humaine a été induite lors de l'infection par le SRAS-CoV-2 ou par l'exposition à des cytokines dans des cellules en culture, ce qui suggère un mécanisme moléculaire de rétro-intégration du SRAS-CoV-2 chez les patients. Cette nouvelle caractéristique de l'infection par le CoV-2 du SRAS pourrait expliquer pourquoi les patients peuvent continuer à produire de l'ARN viral après leur rétablissement et suggère un nouvel aspect de la réplication du virus à ARN.
Déclaration d'intérêts concurrents

Les auteurs n'ont déclaré aucun intérêt concurrent.

La molécule d’ADN, programme de toute vie, est basée sur la section d´or. Elle est longue de 34 Angströms et 21 de large pour chaque cycle complet de sa double spirale. (Angströms = 1×10−10 m = 0.1 nm).

34 et 21 sont en effet nombres faisant partie de la fameuse suite de Fibonacci et leur relation, 1.6190476 approche de la valeur de phi qui est 1.6180339.

L’intersection de l’ADN est basée sur phi.

Résumé

La diversité microbienne du kéfir d'eau, fabriqué à partir d'un mélange d'eau, de figues séchées, d'une tranche de citron et de saccharose, a été étudiée. Les consortiums microbiens résidant dans les granules de trois kéfirs d'eau d'origines différentes ont été analysés. Une collection de 453 isolats bactériens a été obtenue sur différents milieux sélectifs/différentiels. Les isolats bactériens ont été regroupés à l'aide d'analyses RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)-PCR. Un représentant de chaque génotype de RAPD a été identifié par séquençage comparatif du gène de l'ADNr 16S. Le genre prédominant dans les kéfirs d'eau I et II était Lactobacillus, qui représentait 82,1% dans le kéfir d'eau I et 72,1% dans le kéfir d'eau II des isolats bactériens. Les espèces les plus abondantes dans les kéfirs d'eau I et II étaient Lactobacillus hordei et Lb. nagelii, suivies par un nombre considérablement plus faible de Lb. casei. D'autres bactéries lactiques (LAB) ont été identifiées comme Leuconostoc mesenteroides et Lc. citreum dans les trois kéfirs d'eau. L'espèce la plus abondante dans le kéfir d'eau III était Lc. mesenteroides (28 %) et Lc. citreum (24,3 %). Au total, 57 LAB appartenant aux espèces de Lb. casei, Lb. hordei, Lb. nagelii, Lb. hilgardii et Lc. mesenteroides ont pu produire des exopolysaccharides à partir de saccharose. Les organismes non LAB ont été identifiés comme étant Acetobacter fabarum et Ac. orientalis. Les espèces d'Acetobacter étaient plus répandues dans le consortium III. Des analyses de groupes de modèles RAPD-PCR ont révélé une diversité inter-espèces parmi les souches de Lactobacillus et d'Acetobacter. En outre, Saccharomyces cerevisiae, Lachancea fermentati, Hanseniaospora valbyensis et Zygotorulaspora florentina ont été isolés et identifiés par comparaison de séquences partielles d'ADNr 26S et par spectroscopie FTIR.
Faits marquants

► La diversité microbienne de trois kéfirs d'eau a été analysée. ► Différentes bactéries et levures ont été identifiées. ► Des bactéries lactiques ont été trouvées dans les trois kéfirs d'eau. ► La composition microbienne des kéfirs d'eau a montré des différences. ► Un noyau métabolique du consortium peut être plus important que la désignation des espèces.