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Viral load of SARS-CoV-2 across patients and compared to other respiratory viruses - ScienceDirect
https://doi.org/10.1016/j.micinf.2020.08.004Mon 26 Oct 2020 12:33:41 AM CET - permalink -
Notre laboratoire a décidé de fournir aux cliniciens des résultats quantitatifs, désormais utilisés non seulement pour les soins aux patients, mais aussi pour évaluer la contagiosité, c'est-à-dire que les valeurs inférieures à 1000 copies/ml peuvent être considérées comme présentant un faible risque de transmission.
Ce qui était traduit par:
"A partir de quel seuil de CT un positif n’est plus contagieux ?
Pour répondre à cette question de manière formelle, il faudrait avoir des données épidémiologiques sur les transmissions secondaires à partir des sujets documentés positifs par notre laboratoire. La contagiosité est probablement faible voire négligeable au-delà d’un Ct de 36, correspondant à environ 1000 copies/ml (Jacot et al. Microbes Infect. 2020 Sep 7 doi: 10.1016/j.micinf.2020.08.004). Cependant, la contagiosité ne dépend pas que de la charge virale, mais également d’autres paramètres tel que la toux ou/et la présence d’un écoulement nasal. Ainsi, le laboratoire ne rend qu’un résultat quantitatif et ne donne pas d’informations additionnelles sur la contagiosité potentielle. Au vu des charges virales élevées généralement observées, il est logique et pragmatique de considérer a priori que tout patient positif et symptomatique pourrait être contagieux."
=> https://lilianeheldkhawam.com/2020/10/04/rt-pcr-le-professeur-greub-du-chuv-de-lausanne-repond-a-nos-questions-interview/- https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1286457920301519?via%3Dihub#fig1
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RT-PCR, le professeur Greub du CHUV de Lausanne répond à nos questions. Interview. – Le blog de Liliane Held-Khawam
Quelle est la borne supérieure admise en valeur de CT pour estimer qu’un test est positif ?Tue 13 Oct 2020 11:48:18 PM CEST - permalink -
Dans notre laboratoire, nous n’avons pas fixé de seuil. Le nombre maximal de CT est différent selon la méthode et correspond au nombre maximal de cycles effectués.
En l’occurrence, nous utilisons 3 types de RT-PCR SaRS-CoV-2 distinctes :
Une RT-PCR utilisant une extraction Magnapure (Roche) suivit d’une retro-transcription et amplification à l’aide de machines de type Applied Biosystems, avec des sondes Taqman; le tout est automatisé à l’aide de 3 robots Hamilton. Avec cette plateforme automatisée, nous faisons 45 cycles d’amplification.
Une RT-PCR appelée « Cobas », commercialisée par Roche, avec un maximum de 50 cycles.
Une RT-PCR appelée « GeneXpert», commercialisée par Cepheid, avec un maximum de 45 cycles. (https://www.cepheid.com/en/systems/GeneXpert-Family-of-Systems/GeneXpert-System)
Nous n’avons donc pas fixé de seuil. Par contre, nous avons mis en place une surveillance par rapport à cette problématique de possibles faux positifs et ce dès le début (14 février 2020), notamment en comparant les résultats obtenus d’un même patient, ainsi que les résultats obtenus à l’aide des RT-PCRs ciblant 2 gènes distincts. Afin de faire face au grand nombre d’analyses reçues, nous avons d’ailleurs automatisé la comparaison des résultats provenant d’un même patient
(Mueller et al. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.27.20162123v1).- https://lilianeheldkhawam.com/2020/10/04/rt-pcr-le-professeur-greub-du-chuv-de-lausanne-repond-a-nos-questions-interview/
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« Au rythme actuel avec nos tests RT-PCR, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien », alerte le Dr. Yvon Le Flohic
En quoi les tests RT-PCR sont-ils de mauvais tests de contagiosité ?Thu 10 Sep 2020 06:01:13 PM CEST - permalink -
Tout d’abord, le test RT-PCR n’est pas un test de la présence du virus mais un test de la présence de séquences génétiques du virus. Or les personnes peuvent excréter des séquences virales sans pour autant excréter de virus vivants. C’est une première raison qui fait que l’on peut être positif à la RT-PCR sans pour autant être contagieux. Par exemple 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes. Deuxième raison : la RT-PCR fonctionne par répétition de cycles de multiplication de la quantité des séquences génétiques cibles présentes dans l’échantillon d’origine jusqu’à atteindre une quantité détectable. C’est ce qui fait la puissance de cette technique : en poussant le nombre de cycles, on peut arriver à détecter de très petites quantités de matériel génétique. Mais c’est aussi un écueil pour mesurer la contagiosité. Car il faut qu’une personne excrète une dose minimale de virus pour qu’elle puisse être contagieuse. C’est le cas pour toute maladie virale : il faut être en contact avec une quantité minimale de virus, ce que l’on appelle l’inoculum, pour être infecté. Avec les dizaines de cycles de PCR utilisés dans les labos pour les tests, on peut très bien sortir positif alors qu’on n’excrète qu’une trop faible quantité de virus pour être contagieux ou à tout le moins pour être fortement contagieux.- https://www.industrie-techno.com/article/au-rythme-actuel-avec-nos-tests-rt-pcr-nous-allons-confiner-des-dizaines-de-milliers-de-gens-pour-rien-alerte-le-dr-yvon-le-flohic.61409
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Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be. - The New York Times
he Centers for Disease Control and Prevention said it is examining the use of cycle threshold measures “for policy decisions.” The agency said it would need to collaborate with the F.D.A. and with device manufacturers to ensure the measures “can be used properly and with assurance that we know what they mean.”Thu 10 Sep 2020 05:56:54 PM CEST - permalink -
The C.D.C.’s own calculations suggest that it is extremely difficult to detect any live virus in a sample above a threshold of 33 cycles. Officials at some state labs said the C.D.C. had not asked them to note threshold values or to share them with contact-tracing organizations.
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Officials at the Wadsworth Center, New York’s state lab, have access to C.T. values from tests they have processed, and analyzed their numbers at The Times’s request. In July, the lab identified 872 positive tests, based on a threshold of 40 cycles.
With a cutoff of 35, about 43 percent of those tests would no longer qualify as positive. About 63 percent would no longer be judged positive if the cycles were limited to 30.
In Massachusetts, from 85 to 90 percent of people who tested positive in July with a cycle threshold of 40 would have been deemed negative if the threshold were 30 cycles, Dr. Mina said. “I would say that none of those people should be contact-traced, not one,” he said.- https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html
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60-Year Cycle
62 ans cycle d'envoie de neutrino dans le noyau cristallin de la terre... et ça le réchauffe de quelques centaines de degrés. Ce qui met 8 mois à arriver au moho. ceci est généralement compensé par la capacité de l'océan à absorber le co2 de l'atmosphère.. mais à cause du plastique.. ça ne marche plus.Mon 04 Feb 2019 09:06:28 AM CET - permalink -- http://appinsys.com/globalwarming/SixtyYearCycle.htm