Il apparaît par ailleurs que certaines communautés microbiennes des fromages traditionnels au lait cru, composées de microorganismes natifs, peuvent protéger efficacement les fromages à cœur et en surface du risque pathogène (comme Listeria monocytogenes). Cette protection dépend de la nature des espèces microbiennes présentes. Par ailleurs, outre les effets bénéfiques liés au pâturage évoqués précédemment, les fromages au lait cru pourraient avoir d’autres effets bénéfiques. C’est ce que suggèrent les études chez les jeunes (enfants/adolescents), montrant un effet protecteur de la consommation de lait cru vis-à-vis des allergies, de l’asthme, du rhume des foins et de la sensibilisation atopique. L’origine de cet effet protecteur n’est pas encore bien caractérisée.