Méthode de financement critiquée
Pour bénéficier d'une exonération fiscale, la fondation doit donner chaque année au moins 5% de ses fonds. Une grande partie des fonds restants, en 2013 quelque 35 milliards de dollars, sont investis par le trust de la fondation, qui s'emploie à les placer pour générer le maximum de rentabilité "en vue d'atteindre les objectifs caritatifs de la fondation", note celle-ci sur son site.

Seule l'industrie du tabac est exclue de son portefeuille d'actions. Les deux entités, la fondation et le trust, fonctionnent séparément et les objectifs de la première n'influencent pas les investissements du second.

Cette méthode de financement est critiquée par des ONG. Celles-ci visent surtout les investissements dans des sociétés comme McDonald's, Coca-Cola, Shell ou Total, accusées d'aller à l'encontre des objectifs de la fondation en faveur de la santé et de l'environnement.
Parts de Holcim, Glencore et Transocean
Plusieurs sociétés controversées dans lesquelles la fondation investit possèdent leur siège en Suisse. Le trust possède pour 132 millions de dollars d'actions chez le producteur de ciment Holcim, accusé à plusieurs reprises de ne pas respecter les règles environnementales et dont le patron possédait aussi le groupe Eternit, lié au scandale de l'amiante.

La fondation détient aussi des parts de la compagnie de négoce de matières premières Glencore, soupçonnée de corruption et d'évasion fiscale, ainsi que du spécialiste des forages pétroliers en mer Transocean, propriétaire de la plateforme Deepwater Horizon dont l'explosion en avril 2010 avait provoqué une marée noire dans le golfe du Mexique.

Contactée par la RTS, la fondation a indiqué "le trust ne commente jamais ses investissements".
Investissements dans des entreprises d'armement
A part l'industrie du tabac, aucun secteur ne semble être évité par le trust de la fondation Gates. Y compris l'industrie de l'armement. Le trust possède des actions du géant Northrop Grumman, spécialiste des drones, ou encore des constructeurs d'avions de combats BAE Systems et Finmeccanica.

Après une polémique sur les prisons israéliennes de G4S, le trust a liquidé en juin ses actions du numéro un mondial de la sécurité. Il a toutefois conservé ses investissements dans le spécialiste des centre de détention Geo Group.