Malgré son importance clinique considérable, l'ensemble des gènes du SRAS-CoV-2 n'est toujours pas résolu, ce qui entrave la dissection de la biologie du COVID-19. Ici, nous utilisons la génomique comparative pour fournir un ensemble de gènes codant pour des protéines de haute confiance, caractériser la contrainte évolutive au niveau des protéines et des nucléotides, et classer par ordre de priorité les mutations fonctionnelles de la pandémie COVID-19 en cours. Nous sélectionnons 44 génomes complets de Sarbecovirus à des distances évolutives idéalement adaptées à l'identification des éléments codants et non codants des protéines, nous créons des alignements de génomes entiers et nous quantifions les signatures évolutives du codage des protéines et la contrainte de chevauchement. Nous trouvons de fortes signatures de codage de protéines pour tous les gènes nommés et pour 3a, 6, 7a, 7b, 8, 9b, et aussi ORF3c, un nouveau gène à cadre alternatif. En revanche, l'ORF10 et les ORFs 9c, 3b et 3d qui se chevauchent ne présentent pas de signatures de codage protéique ou de preuves expérimentales convaincantes et ne sont pas codants pour les protéines. En outre, nous montrons qu'aucun autre gène codant pour une protéine ne reste à découvrir. Les pressions évolutives entre souches et au sein d'une même souche concordent largement au niveau des gènes, des acides aminés et des nucléotides, avec quelques exceptions notables, notamment des mutations moins nombreuses que prévu dans nsp3 et la sous-unité S1 de Spike, et des mutations plus nombreuses que prévu dans Nucleocapsid. Cette dernière présente également un groupe de variantes modifiant les acides aminés dans des résidus conservés par ailleurs dans un épitope prédit des cellules B, ce qui pourrait indiquer une sélection positive pour l'évitement immunitaire. Plusieurs mutations de la protéine Spike, dont la D614G, qui a été associée à une transmission accrue, perturbent des acides aminés autrement parfaitement conservés, et pourraient constituer de nouvelles adaptations aux hôtes humains. L'ensemble de gènes de haute confiance et les annotations de l'histoire de l'évolution qui en résultent fournissent des ressources et des informations précieuses sur la biologie, les mutations et l'évolution de COVID-19.

COVID-19 Test kits (300215) exports by country in 2018

Additional Product information: Diagnostic reagents based on immunological reactions
Category: COVID-19 Test kits/ Instruments, apparatus used in Diagnostic Testing
Change selection (Reporter, Year, Trade Flow, Partner and HS 6 digit Product)

HS Nomenclature used HS 2017
HS Code 300215: COVID-19 Test kits
HS Classification Reference based on Covid-19 medical supplies list 2nd edition, prepared by World Customs Organization (WCO) and World Health Organization (WHO)

Please note: Exports is gross exports and Imports is gross imports

07/21/2021 : Lab Alert : Changements apportés à la RT-PCR du CDC pour le dépistage du SRAS-CoV-2

Système de communication des CDC sur la sensibilisation des laboratoires (LOCS)

Audience : Personnes effectuant des tests COVID-19

Niveau : Alerte laboratoire

Après le 31 décembre 2021, les CDC retireront la demande d'autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) adressée à la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis pour le panel de diagnostic par RT-PCR en temps réel du coronavirus de niveau 2019 (2019-nCoV), test introduit pour la première fois en février 2020 pour la détection du SRAS-CoV-2 uniquement. Les CDC fournissent ce préavis pour que les laboratoires cliniques disposent de suffisamment de temps pour sélectionner et mettre en œuvre l'une des nombreuses alternatives autorisées par la FDA.

Consultez le site Internet de la FDA pour obtenir la liste des méthodes de diagnostic COVID-19 autorisées. Pour un résumé de la performance des méthodes moléculaires autorisées par la FDA avec un panel de référence de la FDA, visitez cette page.

En prévision de ce changement, les CDC recommandent aux laboratoires cliniques et aux sites d'analyse qui utilisaient le test RT-PCR CDC 2019-nCoV de sélectionner et de commencer leur transition vers un autre test COVID-19 autorisé par la FDA. Les CDC encouragent les laboratoires à envisager l'adoption d'une méthode multiplexée qui puisse faciliter la détection et la différenciation des virus du SRAS-CoV-2 et de la grippe. De tels tests peuvent faciliter le dépistage continu de la grippe et du SRAS-CoV-2 et permettre d'économiser du temps et des ressources à l'approche de la saison de la grippe. Les laboratoires et les sites d'essai doivent valider et vérifier le test choisi dans leur établissement avant de commencer les tests cliniques.

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