Des documents obtenus par The Intercept contiennent de nouvelles preuves que le Wuhan Institute of Virology et le Centre d'expérimentation animale de l'Université de Wuhan, situé à proximité, ainsi que leur collaborateur, l'organisation à but non lucratif EcoHealth Alliance, basée aux États-Unis, se sont engagés dans ce que le gouvernement américain définit comme une "recherche préoccupante sur le gain de fonction", c'est-à-dire qu'ils ont intentionnellement rendu des virus plus pathogènes ou transmissibles afin de les étudier, malgré les stipulations d'une agence de financement américaine selon lesquelles l'argent ne devait pas être utilisé à cette fin.

La subvention pour l'expérience controversée provient de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses du National Institutes of Health, dirigé par Anthony Fauci. La subvention accordée à EcoHealth Alliance, un organisme de recherche qui étudie la propagation des virus de l'animal à l'homme, comprenait des sous-contrats avec l'Institut de virologie de Wuhan et l'Université normale de Chine orientale. Le chercheur principal de cette subvention est le président de l'EcoHealth Alliance, Peter Daszak, qui a joué un rôle clé dans la recherche des origines du Covid-19.
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Les scientifiques ont unanimement déclaré à The Intercept que l'expérience, qui consistait à infecter des souris génétiquement modifiées avec des virus hybrides "chimériques", ne pouvait pas avoir déclenché directement la pandémie. Aucun des virus mentionnés dans les comptes rendus de l'expérience n'est suffisamment proche du virus à l'origine de la Covid-19, le SRAS-CoV-2, pour avoir évolué vers ce dernier. Néanmoins, plusieurs scientifiques ont déclaré que ces nouvelles informations, que le NIH a publiées après avoir été poursuivi par The Intercept, mettent en évidence des problèmes de biosécurité, soulignant un manque général de surveillance de la recherche sur les agents pathogènes et soulevant des questions sur les autres informations qui n'ont pas été divulguées publiquement.

"En tant que virologue, je pense personnellement que la création de chimères de coronavirus de chauve-souris liés au SRAS, dont on pense qu'ils présentent un risque élevé pour l'homme, comporte des risques inacceptables", a déclaré Jesse Bloom, qui étudie l'évolution des virus au Fred Hutchinson Cancer Research Center. Le syndrome respiratoire aigu sévère, ou SRAS, est une maladie causée, comme le Covid-19, par un coronavirus transmis par l'air.
Le directeur de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Anthony Fauci, écoute pendant un briefing sur la pandémie de coronavirus à la Maison Blanche, le 26 mars 2020 à Washington, DC.

Le directeur de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Anthony Fauci, écoute lors d'une réunion d'information sur la pandémie de coronavirus à la Maison Blanche, le 26 mars 2020, à Washington.

Photo : Drew Angerer/Getty Images

L'expérience soulève également des questions sur les affirmations de Fauci et du directeur du NIH, Francis Collins, selon lesquelles les projets financés par le NIH à l'Institut de virologie de Wuhan n'impliquaient pas de recherche sur le gain de fonction. En mai, Fauci a témoigné devant le Congrès : "Les NIH n'ont jamais financé et ne financent pas actuellement la recherche sur les gains de fonction à l'Institut de virologie de Wuhan." Les documents ne permettent pas d'établir si Fauci était directement au courant de ces travaux.

Les scientifiques travaillant dans le cadre d'une subvention accordée en 2014 par les NIH à l'EcoHealth Alliance pour étudier les coronavirus des chauves-souris ont combiné le matériel génétique d'un coronavirus "parent" connu sous le nom de WIV1 avec d'autres virus. Ils ont soumis à deux reprises des résumés de leurs travaux qui montraient que, lorsqu'ils se trouvaient dans les poumons de souris génétiquement modifiées, trois coronavirus de chauve-souris modifiés se reproduisaient parfois beaucoup plus rapidement que le virus original sur lequel ils étaient basés. Les virus modifiés étaient également un peu plus pathogènes, l'un d'entre eux provoquant une perte de poids importante chez les souris. Les chercheurs ont déclaré : "Ces résultats démontrent une pathogénicité variable des CoV du SRASr avec différentes protéines de pointe chez les souris humanisées."

Mais les conditions de la subvention stipulaient clairement que le financement ne pouvait pas être utilisé pour des expériences de gain de fonction. Les conditions de la subvention exigeaient également que les chercheurs signalent immédiatement les résultats potentiellement dangereux et arrêtent leurs expériences en attendant un examen plus approfondi par le NIH. Selon l'EcoHealth Alliance et le NIH, les résultats ont été communiqués à l'agence, mais le NIH a déterminé que les règles destinées à restreindre la recherche par gain de fonction ne s'appliquaient pas.

The Intercept a consulté 11 scientifiques qui sont des virologues ou travaillent dans des domaines adjacents et qui ont des points de vue différents sur l'éthique de la recherche par gain de fonction et sur la recherche des origines de Covid-19. Sept d'entre eux ont déclaré que le travail semble répondre aux critères du NIH pour la recherche sur les gains de fonction.

L'un d'entre eux a déclaré que l'expérience "ne répond absolument pas aux critères" de la recherche par gain de fonction. "On ne peut pas prédire que ces virus seront plus pathogènes, ou même pathogènes du tout chez l'homme", a déclaré Angela Rasmussen, virologue à la Vaccine and Infectious Disease Organization de l'Université de Saskatchewan. "Ils n'ont pas non plus étudié la transmissibilité dans ces expériences", ce qui signifie que les scientifiques n'ont pas cherché à savoir si les virus pouvaient se propager dans une population.

Trois experts ont déclaré que, même s'ils n'avaient pas une connaissance suffisante des politiques américaines pour se prononcer sur la conformité de la recherche aux critères des NIH, l'expérience impliquant des souris humanisées était inutilement risquée.

Un virologue, Vincent Racaniello, professeur de microbiologie et d'immunologie à l'université de Columbia, a déclaré que, même s'il considérait que l'expérience sur les souris décrite dans le document entrait clairement dans la catégorie des gains de fonction, il ne la considérait pas comme problématique. "Il est possible d'effectuer certains types de recherche sur les gains de fonction qui ont ensuite des conséquences imprévues et peuvent poser problème, mais ce n'est pas le cas ici", a déclaré M. Racaniello.

Robert Kessler, responsable de la communication pour EcoHealth Alliance, a nié que les travaux sur les souris humanisées répondent à la définition de la recherche sur les gains de fonction. Kessler a insisté sur le fait que les virus de chauve-souris ne sont pas des agents pathogènes potentiels de pandémie car, a-t-il dit, "un virus de chauve-souris n'est pas connu pour être capable d'infecter les humains." La proposition justifie les travaux sur le WIV1 en expliquant qu'il ne s'agit "pas d'un agent sélectif" - en référence à une liste de toxines et d'agents biologiques étroitement surveillés et susceptibles de constituer une menace grave pour la santé publique - et qu'il "n'a pas été démontré qu'il pouvait causer des infections humaines, ni qu'il était transmissible entre humains".
Comprendre le risque de l'émergence du coronavirus de la chauve-souris528 pages

Mais les recherches du groupe sur le coronavirus de chauve-souris étaient axées sur la menace même que les virus de chauve-souris représentent pour l'homme. Kessler a reconnu que, même si le coronavirus de chauve-souris utilisé dans l'expérience ne s'est pas propagé parmi les humains, la recherche a été conçue pour évaluer comment les coronavirus de chauve-souris pourraient évoluer pour infecter les humains.

Tous les scientifiques consultés, à l'exception de deux d'entre eux, s'accordent à dire que, quel que soit le titre qu'on lui donne, cette expérience nouvellement rendue publique soulève de sérieuses inquiétudes quant à la sécurité et à la surveillance de la recherche financée par le gouvernement fédéral. "De mon point de vue, le débat sur la définition du "gain de fonction" a été trop axé sur les aspects techniques", a déclaré Jacques van Helden, professeur de bioinformatique à Aix-Marseille Université. "La véritable question est de savoir si la recherche a le potentiel de créer ou de faciliter la sélection de virus susceptibles d'infecter l'homme." Les expériences décrites dans la proposition ont clairement ce potentiel, a-t-il déclaré.

Elizabeth Deatrick, porte-parole du NIH, a déclaré que l'agence avait examiné la recherche - et décidé de ne pas la restreindre en vertu de ses propres règles. "En 2016, le NIAID a déterminé que le travail n'était pas soumis à la pause de financement de la recherche Gain-of-Function (GoF) et au cadre P3CO ultérieur du HHS", a écrit Deatrick, faisant référence aux critères mis en place en 2017 pour guider les décisions de financement de l'agence concernant les recherches qui impliquent, ou dont on peut raisonnablement penser qu'elles impliquent, des agents pathogènes pandémiques potentiels.
La crise du coronavirusLisez notre couverture complèteLa crise du coronavirus.

Des membres républicains du Congrès ont allégué, sans preuves suffisantes, que la recherche à gain de fonction menée à Wuhan avait déclenché la pandémie de coronavirus. Dans le cadre d'une enquête sur les origines de la pandémie, ils ont à deux reprises interrogé Fauci au Congrès sur son rôle de directeur du NIAID.

Lors d'un échange animé en juillet, le sénateur républicain Rand Paul a accusé Fauci de mentir lorsqu'il a affirmé que le NIH n'avait pas financé la recherche sur les gains de fonction à l'Institut de virologie de Wuhan.

Les experts affirment aujourd'hui que les documents confirment l'affirmation selon laquelle les NIH ont financé des travaux de gain de fonction, mais pas dans le cas précis où Paul l'a allégué. "Il n'y a aucun doute", a déclaré Racaniello, de l'université de Columbia, qui a souligné la perte de poids des souris infectées par les virus chimériques décrite dans les résumés de recherche envoyés aux NIH. "A partir de la perte de poids, c'est un gain de fonction. Tony Fauci a tort de dire que ce n'est pas le cas."

Mais les documents ne prouvent pas l'affirmation de Paul selon laquelle Fauci mentait, car ils ne permettent pas de savoir si Fauci les a lus. Ils n'appuient pas non plus de quelque manière que ce soit l'allégation de Paul selon laquelle Fauci était "responsable de la mort de 4 millions de personnes dans le monde à cause d'une pandémie" - ou que quiconque a intentionnellement provoqué le Covid-19. Ce qui est clair, c'est que les responsables de programme du NIAID, l'agence que supervise Fauci, étaient au courant de ces recherches.

Un paragraphe décrivant la recherche, ainsi que deux figures illustrant ses résultats, figuraient à la fois dans un rapport d'étape 2018 sur la subvention pour le coronavirus de la chauve-souris et dans une demande de renouvellement pour 2019. Et les NIH ont confirmé qu'ils les avaient examinés.

"Les NIH n'ont jamais approuvé de recherches qui rendraient un coronavirus plus dangereux pour les humains", a déclaré l'agence dans un communiqué, faisant écho aux remarques de Collins, le directeur des NIH, publiées sur son site web en mai. "Les recherches que nous avons soutenues en Chine, où les coronavirus sont répandus, visaient à comprendre le comportement des coronavirus circulant dans les chauves-souris et susceptibles de provoquer une maladie généralisée." Des recherches similaires financées par les NIH avaient contribué au développement de vaccins contre le coronavirus, poursuit le communiqué.

La Maison Blanche n'a pas répondu aux questions concernant ces recherches.

Définitions changeantes, charge virale croissante

L'expérience sur des souris humanisées s'inscrit dans l'objectif global de la subvention de 3,1 millions de dollars, intitulée "Comprendre le risque d'émergence du coronavirus de chauve-souris" et visant à prévenir une pandémie en prévoyant les circonstances dans lesquelles un coronavirus de chauve-souris pourrait évoluer pour infecter l'homme. Les chercheurs ont adopté une approche ambitieuse en trois volets : dépistage des personnes fortement exposées à la faune sauvage, modélisation mathématique et expériences en laboratoire sur les virus. Peter Daszak, président de l'EcoHealth Alliance, travaille depuis des années en étroite collaboration avec des scientifiques chinois, et près de 750 000 dollars de la subvention ont été alloués à l'Institut de virologie de Wuhan. Une somme supplémentaire de près de 300 000 dollars a été attribuée à l'East China Normal University, où les chercheurs ont effectué des prélèvements sur le terrain.

Dans un article publié en 2005, l'équipe de M. Daszak a montré que le premier virus du SRAS provenait des chauves-souris. Le syndrome respiratoire du Moyen-Orient, ou MERS, est causé par un coronavirus apparu en 2012 et dont on pense également qu'il provient des chauves-souris, qui sont désormais une cible privilégiée pour les virologues qui tentent de comprendre et de combattre les maladies émergentes. M. Daszak soutient depuis longtemps que ses recherches sont essentielles pour prévenir les épidémies.

Mais les recherches sur les virus des chauves-souris à Wuhan ont montré que l'infection d'animaux vivants par des virus modifiés peut avoir des conséquences imprévisibles. Un rapport aux NIH sur l'avancement du projet au cours de l'année se terminant en mai 2018 décrit les scientifiques créant de nouveaux coronavirus en modifiant des parties du WIV1 et exposant des souris génétiquement modifiées aux nouveaux virus chimériques. Des recherches publiées en 2017 dans la revue PLOS Pathogen ont montré que, dans des cellules en laboratoire, des virus chimériques similaires se reproduisaient moins efficacement que l'original. Les NIH ont cité cette recherche comme l'une des raisons pour lesquelles le moratoire sur la recherche préoccupante par gain de fonction ne s'appliquait pas à cette expérience. "Il s'agissait d'une perte de fonction, pas d'un gain de fonction", explique le courriel des NIH. (Le NIH a également souligné que les modifications apportées aux virus chimériques "ne devraient pas augmenter la virulence ou la transmissibilité chez l'homme").

Dans les poumons des souris humanisées, cependant, les nouveaux virus semblent s'être reproduits beaucoup plus rapidement que le virus original qui a été utilisé pour les créer, selon un graphique à barres présenté dans les documents. La charge virale dans le tissu pulmonaire des souris était, à certains moments, jusqu'à 10 000 fois plus élevée chez les souris infectées par les virus modifiés que chez celles infectées par le WIV1. Selon M. Deatrick, porte-parole du NIH, la différence dans les taux de reproduction virale - qui était particulièrement prononcée deux et quatre jours après l'infection des souris par le virus - ne représentait pas un gain de fonction car, à la fin de l'expérience, la quantité de virus produite par les souches parentales et chimériques s'équilibrait. "Les titres viraux étaient équivalents à la fin de la période d'expérimentation", écrit Deatrick. Le courriel précise également que "le NIH soutient ce type de recherche afin de mieux comprendre les caractéristiques des virus animaux susceptibles de se propager à l'homme et de provoquer une maladie généralisée."

Les scientifiques consultés par The Intercept ont exprimé des avis divergents sur la question de savoir si l'augmentation de la charge virale pouvait se traduire par une augmentation de la transmissibilité, qui repose sur la capacité du virus à se répliquer. Pour certains, le bond de la charge virale indique que le virus à ARN modifié peut se répliquer beaucoup plus rapidement que l'original dans les poumons des souris, ce qui entraîne probablement une pathogénicité et une propagation accrues. M. Rasmussen, de la Vaccine and Infectious Disease Organization, a souligné que la charge virale n'est pas identique au taux de reproduction, et a fait remarquer que "cela montre que les virus chimériques sont plus efficaces que les virus originaux : "Cela montre que les virus chimériques se sont répliqués un peu plus vite, mais cela ne nous dit absolument rien sur la transmissibilité. De plus, le WIV1 a rattrapé son retard à la fin de l'expérience. Nous constatons tout le temps des différences dans la vitesse de réplication virale, mais souvent elles ne sont pas directement corrélées à la pathogénicité."

Un autre chiffre figurant dans les documents suggère qu'au moins un des virus modifiés a non seulement augmenté la reproduction virale, mais a également fait perdre plus de poids aux souris humanisées que celles exposées au virus original - une mesure de la gravité de la maladie.
Tableau 1

Un graphique tiré d'un rapport sur les recherches financées par le NIH à Wuhan montre la charge virale dans les tissus pulmonaires de souris humanisées.

Capture d'écran : Document FOIA

Les NIH exigent que l'augmentation de la reproduction virale soit immédiatement signalée, selon une note dans l'avis d'attribution que l'agence a publié en juillet 2016. "Aucun fonds n'est fourni et aucun fonds ne peut être utilisé pour soutenir la recherche sur le gain de fonction couverte par l'annonce de la Maison Blanche du 17 octobre 2014", précise la note. Si une nouvelle chimère semblable au MERS ou au SRAS montre "une croissance accrue du virus supérieure à 1 log par rapport à la souche dorsale parentale", poursuit la note, les chercheurs ont reçu pour instruction d'arrêter toutes les expériences avec les virus et d'envoyer les données aux spécialistes des subventions du NIAID, ainsi qu'au comité de biosécurité de l'Institut de virologie de Wuhan. La croissance accrue des coronavirus chimériques chez les souris humanisées était, à un moment donné, jusqu'à 4 log de plus - ou 10 000 fois - le taux du virus original. Mais rien n'indique que les recherches ont été arrêtées.

En fait, la subvention pour le coronavirus de la chauve-souris a été renouvelée pour une période de cinq ans en 2019, bien que l'administration Trump ait suspendu le financement en avril 2020 au milieu de la pandémie de Covid-19 et de la spirale des préoccupations concernant ses origines. (Le financement a été rétabli plus tard, mais dans des conditions strictes que Daszak a dit qu'il était impossible pour son groupe de respecter).

Kessler, le responsable de la communication d'EcoHealth Alliance, a également souligné le fait que la subvention a été renouvelée en 2019 - après qu'EcoHealth Alliance ait soumis à deux reprises des documents détaillant l'expérience - comme preuve que l'organisation n'a rien fait de mal. "S'il y avait eu des violations, ils ne l'auraient pas fait", a-t-il déclaré.
Une longue histoire de controverse

La pratique consistant à fabriquer des virus chimériques afin d'étudier comment ils pourraient devenir plus contagieux a fait l'objet d'un examen minutieux bien avant la pandémie. Les partisans de cette recherche sur le gain de fonction ont fait valoir qu'elle pouvait aider les virologues à mieux comprendre les épidémies naturelles et à s'en défendre. Mais les critiques ont dit qu'elles étaient déraisonnablement dangereuses.

En octobre 2014, le gouvernement fédéral a mis en place un moratoire sur le financement de la recherche sur le gain de fonction sur les agents pathogènes pandémiques potentiels qui pourraient être "raisonnablement anticipés" pour conduire à la propagation chez les humains, comme indiqué dans une orientation de 2017 du Département de la santé et des services humains. En décembre 2017, le moratoire a été levé et remplacé par de nouvelles directives pour la surveillance de la recherche utilisant des agents pathogènes pandémiques potentiels. Les bénéficiaires ont indiqué que l'expérience sur les souris humanisées a été réalisée entre juin 2017 et mai 2018. La recherche par gain de fonction a de nouveau été mise sous les feux de la rampe en 2020, au milieu de spéculations selon lesquelles l'Institut de virologie de Wuhan avait mené de telles recherches et qu'elles étaient liées d'une manière ou d'une autre à la pandémie.

Bien que les nouvelles informations concernant la recherche sur les souris humanisées ne constituent pas un "pistolet fumant" pour les partisans de ce qui est devenu la "théorie de la fuite du laboratoire", elles donnent du crédit à l'hypothèse, selon Stuart Newman, professeur de biologie cellulaire qui dirige le laboratoire de biologie du développement au New York Medical College. "Fabriquer des coronavirus chimériques, mélanger et faire correspondre des RBD [une partie du virus qui lui permet de se fixer aux récepteurs] et des protéines de pointe est exactement le scénario imaginé par de nombreux partisans de la théorie de la fuite en laboratoire", a déclaré Newman. "Le fait qu'il s'agissait d'un paradigme de recherche établi dans le laboratoire de Wuhan [...] rend définitivement plus plausible l'origine laboratoire."

Les documents sur la recherche ont été divulgués par les NIH après que The Intercept a soumis une demande en vertu de la loi sur la liberté d'information en septembre 2020, poursuivant plus tard en justice pour qu'elle soit satisfaite. La demande visait à obtenir des copies de ces propositions de subventions et d'autres que Daszak a soumises à l'agence, ainsi que les communications de l'agence concernant ces propositions. Le NIH a initialement refusé la demande de The Intercept au motif que la publication des propositions de Daszak compromettrait une enquête en cours. L'avocat de l'agence a admis par la suite que le NIH n'avait pas examiné un grand nombre de documents avant de faire cette affirmation.

"Le contenu des subventions soulève de sérieuses questions sur les processus d'examen et la supervision de la recherche sur les agents pathogènes à risque", a déclaré Alina Chan, scientifique basée à Boston et co-auteur du livre à paraître "Viral : The Search for the Origin of Covid-19". Les nouvelles informations contenues dans les documents justifient une enquête plus approfondie afin de déterminer si les chercheurs ont pu omettre des informations sur d'autres expériences préoccupantes, a-t-elle ajouté. "La question est la suivante : qu'ont-ils fait d'autre ces dernières années dont nous ne sommes pas au courant ?"

Documents référencés dans cet article :

Comprendre le risque d'émergence du coronavirus de la chauve-souris.

The Intercept v. National Institutes of Health (en anglais)

par Brice Louvet
15 juin 2021, 15 h 01 min

La virologue Shi Zhengli a identifié et manipulé des dizaines de souches de coronavirus au cours de ces dernières années dans son laboratoire de Wuhan. Selon elle, les spéculations suggérant que le virus responsable du Covid-19 pourrait s’être “échappé” de sa structure sont sans fondements.

Le 30 décembre 2019, alors qu’elle assiste à une conférence à Shanghai, Shi Zhengli reçoit un appel de son patron. De mystérieux échantillons viennent d’arriver à l’Institut de virologie de Wuhan, et d’après les premières analyses, un nouveau coronavirus commence à sévir dans la région. Elle se souvient avoir pensé : « Pourrait-il provenir de notre laboratoire ? »

Une fois sur place, le Dr Zhengli demande à son groupe de séquencer les génomes viraux complets et de répéter les tests, encore et encore. Dans le même temps, elle envoie les échantillons vers une autre installation pour comparer et parcourt frénétiquement les dossiers de son laboratoire pour vérifier toute éventuelle mauvaise manipulation de virus expérimentaux.

La virologue pousse finalement un soupir de soulagement au retour des résultats : aucune des séquences ne correspond à celles des virus que son équipe a échantillonnées. La plus proche ne correspond qu’à 96 %. La différence est trop importante selon les normes virologiques. Elle n’avait pas fermé l’œil depuis des jours, expliquait-elle à Scientific American il y a quelques mois.

Pourtant, plus d’un an et demi plus tard, son laboratoire est toujours au centre des interrogations.

Des virus mortels du laboratoire P4 de Winnipeg au Canada ont été envoyés à Pékin en 2019
Par Hongyan Lu
18 juin 2020
Mis à jour: 18 juin 2020

Le Laboratoire national de microbiologie du Canada a envoyé des virus mortels en Chine avant qu’une enquête menée par la Gendarmerie royale du Canada auprès des scientifiques du laboratoire ne révèle des informations obtenues à partir de documents d’accès à l’information.

Le 31 mars 2019, des virus vivants Ebola et Henipah, classés comme pathogènes de niveau 4, c’est-à-dire parmi les plus mortels au monde, ont été envoyés à Pékin sur un vol commercial d’Air Canada depuis le laboratoire de Winnipeg, le seul laboratoire P-4 du Canada. P-4 désigne le plus haut niveau de biosécurité.